2017年，Abstergo的員工蕾拉·哈桑被指派到埃及，她在那裡發現了一具木乃伊，並利用自己開發的攜帶型Animus開始回溯該具木乃伊的記憶——
在西元前49年，統治埃及的克麗歐佩特拉七世與托勒密十三世之間發生了战爭，時局動盪不安。同時，法老的守護者已經失去了原來的作用，最後的守護者巴耶克仍執行著家族歷代以來的傳統，守護著埃及與阿蒙的神殿。
可是在某日，五名戴著假面的男子挾持了巴耶克的兒子卡慕，脅迫他說出阿蒙神殿的寶物庫的開啟方式，否則就要殺害卡慕，但巴耶克即使說出自己真的不知道開啟寶物庫的方法，卡慕仍慘遭面具男子的殺害。兒子遇害後，巴耶克立誓復仇，踏上了追尋這些面具男子們的復仇旅程，並因此捲入了為了爭奪埃及支配權的克麗歐佩特拉與托勒密十三世，以及來自羅馬的蓋烏斯·尤利烏斯·凱撒三者混亂的政治鬥爭之中。
登場人物
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主條目：刺客教條系列角色列表
過去
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巴耶克（Bayek）
過去故事線的主角，埃及守護者一族的末裔。為了向殺害兒子的假面男子們復仇而踏上旅程。
與妻子艾雅共同創建了刺客兄弟會的前身之一的「無形者」。
與系列作本篇主角的名字都與鳥類有關這點相同，巴耶克在埃及語中是「鷹」的意思。
艾雅（Aya）
巴耶克的妻子，是與丈夫實力相當的戰士。後來改名為阿蒙內特，為了心中的信念前往羅馬建立了新據點。
卡慕
巴耶克與艾雅的兒子。被假面男子抓住作為人質，最後遇害。
克麗歐佩特拉（Cleopatra）
托勒密十三世的姊姊。在本作故事開始前（西元前48年）被弟弟擊敗而逃走，自認自己才是正統的法老，為了回歸埃及而設法排除弟弟的親信們。
托勒密十三世（Ptolemy XIII）
統治着埃及的年輕法老，透過政變流放了自己的姊姊，並施以暴政壓迫埃及的人民。其實只是其臣子們所操弄的傀儡。
尤利烏斯·凱撒（Julius Caesar）
來自羅馬的軍人和政治家。
現代
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蕾拉·哈桑（Layla Hassan）
現代篇的主角，Abstergo的員工。
想證明自己對Animus計畫是無可或缺的存在，因此無視內部規則而被高層懲戒，被發配到埃及。在埃及發現了巴耶克的木乃伊後認為這是重回Animus計畫的好機會，於是使用了攜帶型Animus機器回溯巴耶克的記憶。