水资源澳门特别行政区属亚热带海洋性季风气候地区，夏季较易受热带天气影响，常出现高温多雨天气。1991年至2021年间，6月份的平均降雨量最多，达383.57毫米；12月份的平均降雨量最少，为31毫米。澳门2017年至2021年期间的年均降雨量约1949毫米，年均集雨量约271万立方米。
澳门的泉水常出露于山麓边缘或较低洼地段。较为有名的水泉有澳门半岛上的二龙喉泉和然仔岛三家村附近的水泉。过去曾被用于饮用水源，但后因水量小而停用。在澳门的公路旁山麓地段有富水性裂缝水，这是由于花岗岩长期风化后，具有含水性裂原和网状空隙，有利于地下水储存和渗透，经汇集之后流出地表，往往流出量十分可观，常有澎湃激流，旱季水量稀少但不断流。平均径流为每平方千米每秒6.7-25.6升，枯季每日每平方千米出水量为577吨。此水矿化度小，水质好，但难以大量开采。澳门有沉积表浅地下水和浅井水，多埋藏于第四纪滨海平原和海边沙堤，地势低平，深受涨潮影响，地下水循环交替作用迟缓，矿物质较高，水质较差，但水量较丰富，属中等富水性。单井涌水量15-60吨/日，埋藏深度不深，只有3-5米，开采利用较易，当地居民历年多在此打井取水，40年前，全澳门有大小水井2000余个。但井水带有微咸味，越靠海边井水盐分越高，部分井水已被污染，很少应用.
澳门特别行政区缺乏淡水资源，超过90%的原水来自珠江的干流西江。西江的径流量主要受其集雨区的降雨量影响。西江上游建有多个大型水库，可蓄起丰水期的雨水，并在枯水期调节西江径流量。西江下游地区缺乏大型水库，雨水会在短时间内流出大海。2017年至2021年，内地供澳原水占澳门原水用量的比例达95%以上。 截至2024年，珠海已经对澳门供水65年来，珠海有对澳门供水主干管4条，承担澳门约99%原水供应，与澳门共用一套原水系统。
土地资源澳门特别行政区土地结构类型比较简单，主要由平地、台地和丘陵构成。平地（包括填海造地）面积24.2平方千米，占总面积72.7%；花岗岩丘陵6.0平方千米，占总面积18.0%；台地仅1.2平方千米，占总面积3.6%，为残存的古剥蚀面，主要分布在澳门半岛上的岗顶、白鸽巢公园、望厦观音堂后山、螺丝山以及 氹仔岛的南端，海拔高度20-25米，面积虽然不大，但高度和坡度均较小，故利用率也较高。其他剩馀的土地面积约为1.9平方千米，包括保护区用地，纪念物用地，保护林用地等，占总面积5.7%。
澳门特别行政区境内的土地和自然资源，除在澳门特别行政区成立前已依法确认的私有土地外，属于国家所有，由澳门特别行政区政府负责管理、使用、开发、出租或批给个人、法人使用或开发，其收入全部归澳门特别行政区政府支配。澳门的私有土地包括三部分：一是葡占澳门早期已明确的私有土地，主要分布在澳门半岛；二是淸朝同治、光绪年间，政府明确承认的离岛居民的私有土地，政府对这些土地都发给一张纱纸写成的地契，以资凭证，因而又俗称“纱纸地契”； 三是依照澳门法律澳门政府有权出售小量的、符合法定出售条件的土地给私人所有。
2022年02月15日起，《澳门特别行政区城市总体规划（2020年-2040年）》生效。规划配合粤港澳大湾区规划，体现澳门特区作为大湾区中心城市的定位，提出将澳门土地划分为18个规划分区，分为居住区、商业区、工业区、旅游娱乐区、公用设施区、生态保护区、公共基础设施区、绿地或公共开放空间区等。
矿产资源澳门特别行政区缺乏天然的矿产资源，唯一矿产就是花岗岩， [72]花岗岩遍布全岛。据1983年有关方面勘查，估计仅路环岛西北部一家石矿场的石料蕴藏量就有600万吨。
生物多样性植物
截至2020年，澳门特别行政区市政署管辖的绿化面积占比维持在21%以上。 截至2023年，澳门市政署管辖绿地面积为7843158平方米，人均市政署管辖绿地面积为11.5平方米/人。澳门半岛行人道树木为10282株，离岛行人道树木为13946株，行人道树木中，乔木为241种，灌木为175种，树木数目有所上升，树木物种数目维持不变。
截至2022年11月，澳门特别行政区有6个湿地生态区，澳门湿地入选“中国十大魅力湿地”之一。 澳门拥有大面积的泥滩，先天条件的优越造就了本澳湿地的组成多种多样，既有滨海湿地（海水湿地），也有咸淡水湿地，淡水湿地。其中淡水湿地有外港水塘、龙环葡韵湿地（俗称氹仔鹭鸟林）等，咸淡水湿地有南湾人工湖、路氹城生态保护区湿地等，海水湿地有外港石堤滩涂湿地、九澳沙滩湿地等。
澳门地区植物种类相当丰富。截至2023年，已载入《澳门植物名录》的有173科、668属、1153种。常见的如山丘上半自然林或人工林的乔木树种樟树、阴香等；山丘灌木丛中的桃金娘、岗松等。常见的行道树如大叶榕、细叶榕等。庭园栽种的有白兰、印度橡皮树等，还有池塘的莲花。此外还有多种盆栽观赏植物。
截至2023年，澳门有维管束植物超过1500种，主要分布在山林，种植于公园及休憩区内。前者主要由常绿阔叶林、乔灌矮林及海岸灌草丛组成，常见种类包括桃金娘、毛稔、豺皮樟等，后者则以栽培植物为主，包括朱槿、洋紫荆、黄槐等。此外，澳门拥有苔藓植物104种，隶属34科，63属，珍稀种类有澳门凤尾藓、中华细指苔、腺褐角苔、东亚短角苔、小蓑藓和海南明叶藓。其中，澳门凤尾藓是2011年正式发表的新物种，由于澳门是此物种的首次发现地，故以澳门命名之。 还有濒危古树645株。
澳门陆生自然植被具有较高的群落多样性，可分为针叶林、针阔叶混交林、常绿阔叶林、常绿落叶混交林、灌丛。山林改造林分与建立防火林带，引入许多乡土树种，如楝叶吴茱萸、大头茶等。绿化带方面，以往澳门常用金叶假连翘等观叶植物外，近年开始种植朱蕉、翠芦莉、夏威夷朱槿等。
澳门的药用植物也不少，已发现经鉴别的约有200科的近600种。
动物
澳门土地狭小，加上土地开发、城市化的扩张等因素，影响和破坏了野生动物的活动范围与生存空间，澳门野生动物的种类和数量正不断缩减。
澳门的野生哺乳类动物主要以蝙蝠、老鼠、赤腹松鼠等较常见。爬行类动物较常见的为灰鼠蛇、鼠标蛇、白唇竹叶青蛇、舟山眼镜蛇等。
鸟类动物中，历史调查共记录到澳门鸟类逾300种，2022年全澳共记录鸟类166种。 其中包括全球珍稀濒危鸟类、国家一级重点保护野生动物黑脸琵鹭。
澳门鱼类资源丰富，根据栖息环境的不同可分为咸水鱼类、咸淡水鱼类和淡水鱼类，其中咸水鱼类和咸淡水鱼类约有200多种。
澳门的昆虫种类众多，分布广泛，经鉴定达700多种。当中蚂蚁约150种、蝴蝶100多种、蜻蜓40多种。
路氹城生态保护区是澳门特别行政区珍贵湿地之一，栖息着种类众多的浮游动物、底栖动物、鱼类、昆虫以及鸟类等， 位于路凼莲花大桥附近，占地约55公顷。生态保护区由生态一区和生态二区组成。生态一区为有限度开放管理区，而生态二区则为开放式管理区。生态一区紧靠莲花大桥东北，在其南堤建有两间观鸟屋，此区内有草滩、芦苇和树林，并有出入水管与十字门水道相连通。生态二区位于路凼填海区的西岸，南起路环污水处理厂，北至澳门百老汇，面积约40公顷； 生态二区内设有3个人工小岛，一条参观栈道，泥滩上分布有海榄雌（Avicennia marina）、秋茄（Kandelia obovata）、蜡烛果（Aegiceras corniculatum）、老鼠簕（Acanthus ilicifolius）等红树林植物，及招潮蟹（Uca arcuata）和大弹涂鱼（Boleophthalmus pectinirostris）等动物。
截至2023年底，路氹城生态保护区植物方面记录有藻类植物319种、苔藓植物4种、蕨类植物22种、裸子植物11种、被子植物406种。动物方面记录有浮游动物143种、底栖动物176种、昆虫652种、鱼类116种、两栖类5种、爬行类22种、哺乳动物12种。其丰富的食物资源吸引了197种鸟类在此觅食及栖息，其中包括珍稀的黑脸琵鹭（Platalea minor）。
海洋资源澳门拥有85平方千米海域面积， 海域内主要海洋资源有岸线资源、港口资源、沙滩资源、红树林资源和渔业资源等。 截至2019年，澳门海域和海岸带地质资源主要包括76.08千米岸线资源、约55平方千米海涂资源、独特的花岗岩地貌和海岸地质旅游资源，以及约7850万立方米远景资源量的海砂。