訴訟
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2007年5月，廣告軟體分銷商Zango以商業誹謗起訴卡巴斯基實驗室，稱其阻塞Zango軟體的安裝。同年8月，法院裁定，基於通訊規範法，授予卡巴斯基實驗室豁免權。
2008年12月，德州資訊保護和認證（IPAT）針對程式和數據的監控技術以專利侵權為理由起訴卡巴斯基實驗室和其他34家IT及防毒軟體公司。卡巴斯基實驗室是這35家企業中唯一與其所抗衡的企業（其他巨頭企業包括微軟、賽門鐵克、邁克菲等）。2012年6月，經過三年多的對抗和訴訟，美國德克薩斯州東部區地區作出有利於卡巴斯基實驗室的裁決後後，IPAT才勉強承認失敗。此外，法院接受了'with prejudice'的裁決請求，意味著IPAT不能針對這項專利向卡巴斯基實驗室提出任何的索償。
2012年5月，位於德克薩斯州一家「專利權力主張實體」Lodsys公司對55家美國公司提出了專利訴訟。Lodsys聲稱，這些公司在收集使用者對產品的意見時涉及一至四項專利的侵權，包括購買，電腦應用程式升級。其中，51間公司同意庭外和解。其餘的被告起初決定反對訴訟，但可惜在審判聽證會開始的10天前放棄。卡巴斯基實驗室是唯一留下來維護自己權利的公司。2013年9月30日，法院批准了Lodsys申請撤回索賠的請求，訴訟因有偏見被駁回。
駭客攻擊事件
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2015年6月，卡巴斯基實驗室宣布，其公司系統及官網遭到駭客攻擊，駭客的身分極有可能代表某個國家政府組織。卡巴斯基實驗室稱這次攻擊使用了三種先前未知的「零日漏洞」，並承認駭客取得了一些檔案。卡巴斯基實驗室CEO尤金·卡巴斯基在其部落格中表示，他相信這些攻擊的目的是為了竊取卡巴斯基的最新技術[1][2][3]。
美國
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多年以來，美國多次指稱俄羅斯駭客入侵美國系統、甚至干擾美國總統大選，情報部門也一直在調查卡巴斯基實驗室與俄羅斯政府可能存在的聯絡[4]。
2017年9月13日，美國國土安全部下令所有聯邦機構禁止使用卡巴斯基實驗室生產的軟體，原因是「俄羅斯政府方面可能進入該系統」[5][6]。2017年12月，在2018年度國防授權法案（NDAA）中新增禁令，禁止所有聯邦部門使用卡巴斯基公司製作、參與或者主導的類似產品、服務。受輿論壓力，卡巴斯基也於早前的12月7日關閉向政府部門銷售產品的華盛頓辦公室，不過產品繼續向美國非聯邦客戶銷售[7]。
2022年3月26日，俄烏戰爭之際美國聯邦通訊委員會再將卡巴斯基列為黑名單[8]。
2024年6月20日，拜登政府宣布，禁止俄羅斯卡巴斯基實驗室製造的防毒軟體在美國銷售，理由是卡巴斯基的美國大客戶包括重要基礎設施業者、州政府與地方政府，長期以來人們擔憂這家軟體公司會構成重大國安威脅。將今年9月29日生效，以便企業有時間尋找替代品。卡巴斯基在美國新業務也將在限令公布後30天內封鎖[9]。
2024年7月20日，俄羅斯網路安全公司與防毒軟體供應商卡巴斯基實驗室將開始關閉其在美國的業務。[10]
加拿大
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2023年10月30日，加拿大決定禁止在政府發放的行動裝置上使用卡巴斯基軟體[11]。
歐洲聯盟
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2018年6月19日，歐盟決議禁用「被證實為惡意」的卡巴斯基軟體[12]。
2019年4月16日，歐盟引述德、法及比利時政府的檔案，指出未發現防毒廠商卡巴斯基為俄國執行竊密的證據，各單位有權決定要不要卡巴斯基產品[13]。